小兒自閉癥的病因與下列要素有關，或在多種要素共同效果下發病。
一、遺傳要素：部分患兒與遺傳要素有關，遺傳要素對孤單癥的效果已趨于清晰，患本病的兒童同胞中有2%～6%患本病，單卵雙生子同病率高達36%。
1.同病率及高發家系研討
①雙生子同病率單卵孿生同病率為40％～57％．雙卵孿生同病率為10％--23.5%
②同胞患病率原發性孤單癥包含宗族中有孤單癥患兒有3％～8％的再現風險率遠離于一般集體，存在宗族聚集現象―假設一個孩子患孤單癥，則2個孩子患病的風險率將提高到86％。
③高發家系的研討1985年Ritvo進行了一份較大樣本的高發家系研討，在46個家庭中41個家庭有兩名孤單癥患者，其余5個家庭有3名孤單癥患者。推測孤單癥有可能是常染色體隱性遺傳。
④宗族中認知功用缺點者頻率較一般集體高。認知功用缺點是孤單癥的基本缺點宗族中即便沒有同樣的患者，也能夠發現存在相似的認知功用缺點，如語言發育緩慢，精力發育遲滯，學習妨礙，心思妨礙和顯著內向等，這些都標明孤單癥的發病存在遺傳學基礎。
2.染色體反常研討發現孤單癥兒童染色體脆斷現象增多，稱其為x脆性位點，即xqR7（脆性Ⅹ染色體)2%～5%脆性Ⅹ綜合征(FragileXSyndrome)）患者體現有孤單癥癥狀。有學者發現本癥患兒有長Y染色體，并且患兒的父母和兄弟查看也有長Y染色體。研討料標明，遺傳要素對孤單癥的發生有較清晰的效果，但詳細遺傳方式尚待深入探討。
二、腦器質性危害：如產傷、宮內窒息、中毒、感染等，15%～50%的患兒伴癲癇發生、腦電圖反常、腦CT、磁共振有非特異性改動。有的伴有神經系統體征、軀體畸形等。先天性風疹病毒感染、巨細胞病毒感染均可能與孤單癥發病有關。
三、免疫功用反常：具有免疫功用的淋巴細胞數量削減，活性減低，抵抗感染的功用下降。
四、神經內分泌和神經遞質：兒童行為與神經遞質密切相關。有研討資料，以為中樞神經系統5－羥色胺和（或）多巴胺活性下降。伴有下丘腦功用妨礙則可發生孤單癥。也有以為本癥體現孤單、與他人樹立不起愛情等癥狀是因腦內啡呔類物質的神經遞質效果反常所致。
五、認知缺點要素：有人提出了認知功用與社會功用相關的學說，以為心思認知缺點危害了孤單癥患兒對他人精力狀態的理解能力，導致社會交往能力的缺少，乃至對待人就像對待無生命的物體，常過錯理解他人有意識的行為。
六、多種病因：許多研討標明、孤單癥常與某些疾病一起存在，如脆性X綜合征、結節性硬化、肌營養不良、先天性風疹、苯丙酮尿癥以及瞟呤代謝病等，故以為孤單癥是一個多種病因的神經綜合征。