多酶清洗液濃度并非越高越好，這和我們洗衣服時洗滌劑放多了很難漂洗干凈是一樣的道理。故不建議清洗器械時酶清洗液使用量超出說明書的上限。
手術器械清洗后清洗劑的殘留一直是業內關注的話題。目前絕大部分的多酶清洗劑都含有多種水解酶，通常包括蛋白酶、脂肪酶、纖維素酶和淀粉酶，其本質都是蛋白酶。蛋白酶分子會分解脂肪酶、纖維素酶、淀粉酶以及其他的蛋白酶分子，“自相殘殺”的結果是多酶清洗液很快就自身分解失活。為了防止這個問題，很多多酶清洗劑原液里面都加入了穩定劑，使得多酶分子處于“休眠”狀態。使用時按照一定比例稀釋，多酶分子脫離穩定劑而被激活，才可以分解各種污染物。因此，器械中的殘留含酶清洗劑必須徹底沖洗干凈，否則與所有化學品一樣，會造成不良反應，例如發熱。
使用含酶清洗劑應遵循產品使用說明，包括適當稀釋酶洗滌劑以及遵照標簽上規定的酶清洗劑接觸時間（即酶洗時間）。