運用微生物發酵木質素纖維生產制造酒精的加工工藝大概可分成直接法、間接法、同一糖化發醇和固定化細胞發醇。直接法指得用同一微生物開展纖維素的糖化水解和乙醇發醇的加工過程。直接法中常見的微生物是熱纖維梭菌。
經過誘變更新改造的重組熱纖維梭菌用作發醇，其酒精產率能達9g/L，乙酸生產量也可以達標9g/L。熱纖維梭菌若與熱硫化氫梭菌共同作用，還可使生產量大幅提高。運用混合菌發醇，能夠一部分處理產率不夠的問題；間接法指得先放一種微生物水解纖維素，收集酶解后的糖液，再運用酵母發醇生產制造乙醇。此法中常見木霉的纖維素酶來水解纖維素，產生的糖液再開展發醇，其酒精生產量可達標97g/L。但這類方式中纖維素需先放氫氧化鈉開展預處理，因此利潤較高；同一糖化發醇指得用一種可產生纖維素酶的微生物和酵母在同一容器中持續開展纖維素的糖化和發醇。
在這一加工工藝歷程中，纖維素水解后產生的葡萄糖能夠被不斷用作發醇，因此排除了高濃度葡萄糖對纖維素酶活性抑制，簡易了設備，減短了生產制造周期時間，提升了生產率。但也存有某些抑制要素，如木糖的抑制作用、糖化和發醇的溫度不協調性等；固定化細胞發醇具備提升發醇器內細胞濃度、細胞可持續使用、最終發酵液酒精濃度高等特點�？蒲袛底疃嗟氖墙湍负瓦\動發醇單胞菌的固定化。常見載體有海藻酸鈉、卡拉膠、多孔玻璃等�？蒲斜砻鳎潭ɑ\動發醇單胞菌比酵母更具優越性。近期又有將微生物固定在氣液界面上開展發醇的科研新聞報道，其微生物活性比固定在固體介質上高。固定化細胞的新動向是混合固定化細胞發醇，如酵母與纖維二糖一同固定化細胞發醇，將纖維二糖基質轉化成酒精，被覺得應以木質素纖維原料生產制造酒精的關鍵階梯。