在實際運行的工藝中，過濾方式主要有2 種，一種是恒壓過濾，一種是恒流過濾。恒流過濾只能短時間內接受由于不可逆污染產生的長時間膜滲透能力的衰減和水質的季節性變化。與此相反，恒壓過濾需要控制壓力，短時間原水水質變化和長時間膜的滲透能力的衰減，通過控制TMP 來彌補。Xiaoyan Guo建議當原水溫度低于5℃時，應該采用恒壓過濾，在其它情況下，采用錯流過濾(TMP≤0.1 MPa)。采用這種方法，能夠使膜的不可逆污染最小化，以保證獲取穩定的通量，使膜的運行時間更長。
采用超濾膜處理地表水的過程中，膜的污染是制約這種技術廣泛應用的一個障礙。很多的因素都可能促使膜污染的形成或加劇，從而導致膜的滲透通量的下降，這樣不但增加了運行成本，也增加了能耗和化學藥劑的消耗，縮短膜的壽命，從而使廢物的產量增加。在小試和中試中，盡管有很多的模型和理論能夠預測膜運行過程中污染發生機理和狀態，但是在實際的運用過程中還有很多問題需要解決。所以需要從膜本身的特性，處理的原水，實際工程中膜的污染及運行情況加以研究，以便有效地指導膜的實際運行。
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