于艾灸的時間問題，這和十二經絡的運行時間有著密切的關系。古代是12個時辰，這12個時辰分別為十二經絡所主，就是說每一個時辰有一條經絡主要工作。下面是對艾灸時間的介紹。
12時辰分別是：子 丑 寅 卯 辰 巳 午 未 申 酉 戌 亥，子時是晚上11點——凌晨1點、丑時是凌晨1點——3點、寅時是3——5點、卯時是5點——7點……亥時是晚上9點——晚上11點，正好一晝夜，子時是膽經工作、丑時是肝經工作、寅時是肺經工作、卯時是大腸經工作、辰時是胃經工作、巳時是脾經工作、午時是心經工作、未時是小腸經工作、申時是膀胱經工作、酉時是腎經工作、戌時是心包經工作、亥時是三焦經工作。列表如下：
這里又有問題了，我肺不好，總不能大半夜不睡覺起來艾灸吧，這時候就要用到表里兩條經絡，或同名的兩條經絡的關系了，比如，肺經和大腸經是一對表里經的關系，就像夫妻關系，但是大腸經是早上5點——7點工作，也不合適艾灸，肺經是手太陰經，足太陰經是脾經，肺經和脾經就是同名的關系，就像兄弟關系，脾經是早上9點——11點工作，這時候艾灸，治療和肺有關系的問題，效果就好。
肺在五行中屬金，根據五行相生相克的原理，土是生金的，金是生水的，根據“虛則補其母，實則瀉其子”的原則，如果肺實熱，可以在下午5-7點腎經工作的時候艾灸，因為腎屬水。其他的都是一樣的原則，可以舉一反三。其實這不存在早上灸好，還是晚上灸好的問題，關鍵是看你解決什么問題，但是，晚上11點后，除非是急癥，否則就不能再灸了。中午11點—1點是午時，是心經工作的時間，心在五行中屬火，古人有“子午覺，卯酉功”之說，所以，午時也不適合艾灸，如果午時艾灸，很容易引起上火。