無論是海水淡化，還是苦咸水脫鹽，給水預處理是保證反滲透系統長期穩定運行的關鍵。在制定海水預處理方案時應充分考慮到：海水中存在大量微生物、細菌和藻類。
海水中細菌、藻類的繁殖和微生物的生長不僅會給取水設施帶來許多麻煩，而且會直接影響海水淡化設備及工藝管道的正常運轉。對系統中所采用的設備、閥門、管道件的材質要作一定篩選，耐腐性能要好。
海水殺菌滅藻
國外船用海水淡化設備多采用投加液氯、NaClO和CuSO4等化學試劑來殺菌滅藻。考慮到交通等多方面的因素，投加化學試劑殺菌滅藻有一定難度，在本工程設備研制過程中專門采用海水次氯酸鈉發生器。海水取水泵后分出一小股帶壓海水，進入次氯酸鈉發生器，在直流電場作用下產生NaClO，靠位差直接注入海灘沉井，以殺滅海水中的細菌、藻類和微生物。
混凝過濾
混凝過濾旨在去除海水中膠體、懸浮雜質，降低濁度。為了降低海水預處理系統和瞬間負荷，提高水回收率設置了反滲透濃縮水作為過濾器反沖洗水的氣液反洗系統。
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