早期的殺菌劑都是無機(jī)化合物，其中如硫磺粉和銅制劑（見波爾多液）至今仍在使用。1914年德國的I.里姆首先利用有機(jī)汞化合物防治小麥黑穗病，標(biāo)志著有機(jī)殺菌劑發(fā)展的開端。
1934年美國的W.H.蒂斯代爾等發(fā)現(xiàn)了二甲基二硫代氨基甲酸鹽的殺菌性質(zhì)，此后有機(jī)殺菌劑開始迅速發(fā)展。在40～50年代開發(fā)的有三個主要系列的有機(jī)硫殺菌劑：福美類、代森類(如代森鋅)和三氯甲硫基二甲羧酰亞胺類，此外有機(jī)氯、有機(jī)汞、有機(jī)砷殺菌劑也有發(fā)展。這些殺菌劑大多是保護(hù)劑，應(yīng)用上有局限性。
60年代以來，更多化學(xué)類型的殺菌劑不斷出現(xiàn)，其中重要的進(jìn)展是內(nèi)吸性殺菌劑的問世。
1965年日本開發(fā)了有機(jī)磷殺菌劑稻瘟凈，1966年美國開發(fā)了萎銹靈，1967年美國開發(fā)了苯菌靈,1969年日本開發(fā)硫菌靈,1974年聯(lián)邦德國開發(fā)了唑菌酮，1975年美國開發(fā)了三環(huán)唑，1977年瑞士開發(fā)了甲霜靈，1978年法國開發(fā)了三乙磷酸鋁。以上述為代表的內(nèi)吸劑已成為70年代以來殺菌劑發(fā)展的主流。與此同時，農(nóng)用抗生素也有較快的發(fā)展。有機(jī)汞、有機(jī)砷和某些有機(jī)氯殺菌劑因毒性或環(huán)境污染問題而漸被淘汰。新一代的內(nèi)吸劑由于防治效果提高而使殺菌劑的市場進(jìn)一步擴(kuò)大。到80年代，殺菌劑的品種已超過200種。據(jù)調(diào)查，1985年全世界殺菌劑銷售額達(dá)到25.4億美元，占農(nóng)藥總銷售額的18.4%。
1984年殺菌劑中內(nèi)吸劑的銷售額已占44.2%，非內(nèi)吸劑占55.8%。近半個世紀(jì)以來，殺菌劑的發(fā)展主要集中在防治真菌病害的藥劑方面，而對于防治細(xì)菌和病毒引起病害的藥劑還研究開發(fā)得很不夠。中國自50年代起主要發(fā)展保護(hù)性殺菌劑，70年代以來，開始發(fā)展內(nèi)吸性殺菌劑和農(nóng)用抗生素，并停止使用有機(jī)汞劑。由于殺菌劑的應(yīng)用技術(shù)比較復(fù)雜，所以發(fā)展速度不如殺蟲劑快，但是殺菌劑對農(nóng)業(yè)的增產(chǎn)保護(hù)作用已經(jīng)越來越被廣大農(nóng)民所認(rèn)識，隨著中國農(nóng)業(yè)的現(xiàn)代化，殺菌劑的發(fā)展必將加快。