水箱由于太陽能熱水器的水源是經過儲水箱的儲存，經熱能轉換后成為熱水又供給用戶，所以熱水器的內外質量是影響使用衛生的關健。太陽能熱水器水箱有采用鋁、鋁合金、不銹鋼、石英玻璃等材料制成，不銹鋼優于其他鋁材、角鐵、彩鋼等材料，儲水質量和保溫性能較好，不易出現水垢、銹跡。
自來水從水廠輸出后，流入輸水管網再到各個用戶的過程中，就有可能再次受到污染。例如輸水管、水箱的內壁都是與生活用水接觸**密切的部位，其內壁涂料的質量會直接影響到水質，如果太陽能儲水箱的密封不嚴，鋁制或鐵制的水箱內易生銹、生藻，使其含有水溶性的有毒成分，甚至具有致癌性的成分溶入水中，就造成了對水質的污染。
輸水管由于輸水管的材質直接影響飲用水質量，為保護人體健康，國家要求衛生標準必須符合《生活飲用水輸配水設備及防護材料安全性評價規定》，所以傳統的鑄鐵輸水管易生銹，已被淘汰，取而代之的是塑料管材，目前硬質聚氯乙烯（PVC-U）主要用于城市供水、排水和建筑給、排水等的輸送管道。
眾所周知，太陽能熱水器使用的塑料輸水管道輸送的是熱水，因此輸水管必須要具備耐高溫、耐嚴寒、耐老化、無毒無味的高標準。然而許多不法生產企業甚至用工業、生活的廢腳料生產輸水管。
這樣一來，不合格的塑料輸水管經太陽能熱水器的熱水“浸蝕”，管道中的有機物經加溫后會釋放并溶解于水中，如殘留的二氯乙烷可通過皮膚和食道進入人體內，短期接觸刺激眼睛皮膚和呼吸道，可能對中樞神經系統及肺部造成危害，長期或反復接觸可能會引起皮炎，可能對肝、腎和黏膜發生作用；其殘留的氯乙烯短期接觸會刺激眼睛，長期或反復接觸可能對肝、血管和結締組織發生作用，引發慢性疾病。
太陽能熱水器的日常維護
1．配管施工時，輸水管內可能沾有塵埃或油味，首次使用時可放松水龍頭先排除雜物。
2．集熱器下端的清潔排除口，依使用水質狀況作定期的排放，排水時間可選于早上集熱器較低溫時。
3．集熱器透明蓋，依地區落塵量而作定期的擦試，下雨時能起到自行清洗，保持表面清潔可得到較高的集熱效率。
4．連續晴天多日不使用熱水時，其熱水溫度可達70℃~80℃，請小心燙傷。
5．水龍頭出口端有濾網裝置，水管內的水垢雜物會聚集于此網，應定期自行拆下清洗，可加大水量流出順暢。
6．太陽能熱水器每一年半到兩年就需要進行清洗、檢查、消毒，用戶可請專業的清洗公司進行清洗，平時也可以自己動手做一些消毒工作，如用戶可買些含氯的消毒藥劑往進水口中倒進去，讓其浸泡一段時間，再放出，能起到一定的消毒殺菌效果。
雖然有報道稱太陽能熱水器使用不當會對人體造成一定的影響，但是只要您正確使用太陽能熱水器（如不飲用經過熱水器加熱的水等）并定期對其進行保養清理的話，那么您便可放心使用家中的熱水器，不用再擔心它的危害問題了。