超凈工作臺原理是在在特定的空間內，室內空氣經預過濾器初濾，由小型離心風機壓入靜壓箱，再經空氣高效過濾器二級過濾，從空氣高效過濾器出風面吹出的潔凈氣流具有一定的和均勻的斷面風速，可以排除工作區原來的空氣，將塵埃顆粒和生物顆粒帶走，以形成無菌的高潔凈的工作環境。
超凈工作臺根據氣流的方向分為垂直流超凈工作臺（Vertical Flow Clean Bench）和水平流超凈工作臺（Horizontal Flow Clean Bench），根據操作結構分為單邊操作及雙邊操作兩種形式，按其用途又可分為普通超凈工作臺和生物（醫藥）超凈工作臺。從操作人員數上分：分為單人工作臺和雙人工作臺；超凈工作臺從結構上分：分為常規型和新型推拉以及自循環型（僅限垂直流）。
超凈臺的優點是操作方便自如，比較舒適，工作效率 ，預備時間短，開機10分鐘以上即可操作，基本上可隨時使用。在工廠化生產中，接種工作量很大，需經常長久地工作時，超凈臺是很理想的設備。超凈臺由三相電機作鼓風動力，功率145～260W左右，將空氣通過由特 的微孔泡沫塑料片層疊合組 的“超級濾清器”后吹送出來，形成連續不斷的無塵無菌的超凈空氣層流，即所謂“ 有效的特殊空氣”，它除去了大于0.3μm的塵埃、真菌和細菌孢子等等。超凈空氣的流速為24～30m/min，這已足夠防止附近空氣可能襲擾而引起的污染，這樣的流速也不會妨礙采用酒精燈或本生燈對器械等的灼燒消毒。工作人員就在這樣的無菌條件下操作。
無菌凈化廠房車間工程通過相應的裝置，送入足夠量的、經過處理的潔凈空氣，以替換或稀釋室內在正常工作時所產生的污染物質污染的空氣;同時，帶走室內的污染物質。即為空氣凈化的基本原理。
具體而言，潔凈室內的空氣凈化處理就是根據房間的不同的潔凈度等級要求，采用不同的方式送入經過處理的數量不等的清潔空氣，同時排走相應數量的攜帶有在室內所產生的污染物質沾污的臟空氣;依靠這樣的動態平衡，使室內環境維持在所需要的空氣潔凈度等級。