無菌凈化工程為控制接種環節的污染，各食用菌企業普遍采取的方法和設備主要有接種箱、離子風、超凈工作臺、臭氧滅菌和其他藥物滅菌等方法，以上方法如果操作得當也可有效控制接種環節的污染，但也有以下弊端；
使用藥物滅菌法只能在有限時間內而不能全過程的有效控制雜菌的滋生、蔓延。藥物滅菌會對操作人員的身體健康造成嚴重危害。使用凈化設備進行接種，因為設備所處的環境是非潔凈區域，在停機或完成工作后設備本身也會受到污染，再次工作時會造成二次污染。
凈化車間主要之作用在于控制產品(如硅芯片等)所接觸的大氣的潔凈度以及溫濕度，使產品能在一個良好之環境空間中生產、制造，此空間我們稱之為凈化車間。按照國際慣例，無塵凈化級別主要是根據每立方米空氣中粒子直徑大于劃分標準的粒子數量來規定。
無菌實驗室一般設置在微生物實驗室內，室內室外裝備的換氣設備必須有空氣過濾裝置。在獲得了無菌環境和無菌材料后，只有保持無菌狀態，才能對某種特定的已知微生物進行研究。
每次使用前開啟紫外線燈照射30分鐘以上，或在使用前照射30分鐘，對內外室用5%石炭酸噴霧。用肥皂洗手后，把所需器材搬入外室；在外室換上已滅菌的工作服、工作帽和工作鞋，戴好口罩，然后用2%煤酚【即甲基苯酚】皂液將手浸洗2分鐘。將各種需用物品搬進內室清點、就位，用5%石炭酸在工作臺面上方和操作員站位空間噴霧，返回外室，5～10min后再進內室工作