超凈臺的工作原理是由風機從環境中吸入空氣，先經過稱為“初效過濾器”的一塊類似泡沫塑料的天井棉，將空氣中的大顆粒塵埃過濾掉；然后再通過被稱為“高效過濾器”的HEPA濾膜，將剩余的大于0.3微米的小顆粒塵埃濾去。通過兩層的過濾，進入超凈臺腔內工作區域的空氣達到100級的無塵標準，由于細菌等微生物在空氣中只能附著塵埃存在，故超凈臺在達到無塵的同時也做到了無菌。
超凈臺的使用范圍為生化實驗室、生物制藥、光電產業、微電子等領域。超凈臺的類型分為垂直流超凈臺和水平流超凈臺。所謂垂直流指的是經過過濾的潔凈空氣自上而下吹向超凈臺臺面，然后再向前后吹出超凈臺，垂直流的超凈臺通常在生物醫藥行業的實驗中使用；而水平流指經過過濾的潔凈空氣自后向前直接吹向操作者，水平流的超凈臺通常在電子行業及植物種植中被使用到。
對于超凈臺的選購，首先要確認適用于垂直流的超凈臺還是水平流的超凈臺，然后再確定超凈臺的使用人數及使用面數，究竟是單人單面還是單人雙面，抑或雙人單面還是雙人雙面。確定了以上兩點后，超凈臺的選型就基本結束了。
也許還有很多用戶會疑問，為何超凈臺的構造都是一個外殼加風機和兩層過濾器，但是價格上差異那么大。那就讓我們來分析一下超凈臺的用料，首先一些超凈臺的外觀制作較為精致新穎，材料使用的不銹鋼材質較好，所以在外殼上就會有較高的成本。
其次，超凈臺的風機也是區分價格的一個部件，好的超凈臺通常使用進口風機，此類風機噪音小，振動低，使操作人員在一個安靜的環境下進行實驗，而一些國產的風機在使用了一段時間以后就會發現噪音很大，超凈臺的振動也會影響到實驗的正常進行。
最后也是最重要的就是高效濾膜（HEPA膜）了，由于高效濾膜直接影響超凈臺的潔凈度及使用壽命，所以質量好的HEPA膜在成本上會較低檔次的膜高很多。當然，HEPA膜的使用壽命的長短與空氣的潔凈程度有關。在溫帶地區超凈臺可在一般實驗室使用，然而在熱帶或亞熱帶地區，由于大氣中含有高量的花粉，或多粉塵的地區，超凈臺則宜放在較好的有雙道門的室內使用。任何情況下不應將超凈臺的進風罩對著開敞的門或窗，以免影響濾清器的使用壽命。
對于HEPA膜的使用壽命，通常在三到四年左右，當HEPA膜無法再提供高效過濾的效用時，更換一塊新的高效濾膜即可。測試HEPA膜是否到更換時間的方法可以使用塵埃粒子計數器來確定是否超凈臺腔內的空氣還為百級的潔凈度或使用平板瓊脂測沉降菌。另外需要說明的是，使用產生臭氧的紫外殺菌燈，也會減短HEPA膜的使用壽命。
一些用戶在選購潔凈設備時，會對超凈臺、生物安全柜及通風柜的使用范圍產生混淆。超凈臺用于無菌無塵的實驗操作，可保護臺內的樣品，但對臺前的操作者是不具有保護的，所以不能進行一些有害微生物的操作；而生物安全柜可以同時保護樣品和臺前的操作者；通風柜是吸風設備，風從操作者處吸入臺中，故通風柜可保護操作人員，但對樣品沒有保護。弄清楚這點后，相信各位對超凈臺的選購會有較清晰的認識。