水箱自潔消毒器的主要作用是殺滅供水設備的細菌和病毒，常用的殺菌方法有以下三種。
1、臭氧的產生方法
目前各種飲用純凈水和礦泉水的生產廠家所使用的水箱自潔消毒器主要有二種：
一種是以空氣為氣源，空氣經壓縮、冷凝、過濾、干燥等預處理凈化后，進入高壓放電管，在高壓放電環境中，空氣中部分氧分子激發分解成氧原子，氧原子與氧原子（或氧原子與氧分子）結合生成臭氧。該法的主要缺點是噪音大。
另一種是經純氧作氣源，經硅膠干燥后進入放電管中，產生臭氧氣體，氧氣源程發生器產生的臭氧濃度高、純凈、無噪聲，并能克服空氣源發生器使用一段時間后易使處理水產生異味的缺點。缺點是需要經常更換氧氣鋼瓶。
2、臭氧與水混合后到灌裝前的控制
臭氧與純凈水混合后在水中的半衰期主要取決于水溫，水溫高則半衰期短;水溫低則半衰期長。一般在15-40min之間。這就對生產飲用純凈水企業的工藝流程有較高的要求。有些生產企業的工藝流程和生產控制不盡合理，是造成灌裝臭氧濃度較低的原因。
3、臭氧與純凈水的混合方式
臭氧與純凈水的混合方式有兩種：
一種是塔式混合，臭氧在臭氧-水混合塔中與水混合形成灌裝水。塔內可以充填一些填料，以增加其傳質系數，提高臭氧的濃度。
另一種混合方式是：產生的臭氧先進入-水射器（文丘里管），然后在一固定螺旋混合器中與水在湍流下充分混合。該方法具有傳質系數高，水中臭氧濃度高，占地面積小等優點，比較適合于以氧氣作氣源的設備。